Poljoprivredno-prehrambeni fakultet u Sarajevu s ponosom nosi ime najstarije svjetovne visokoškolske institucije u Bosni i Hercegovini. Ministarstvo prosvjete Kraljevine Jugoslavije 21. marta 1940. godine donosi Uredbu o osnivanju Poljoprivredno-šumarskog fakulteta u Sarajevu, sa Poljoprivrednim i Šumarskim odsjekom.
Nastava počinje krajem januara, prekida se u aprilu zbog rata. Fakultet opustošen, prestaje sa radom do kraja Drugog svjetskog rata i oslobođenja zemlje. Zvanično ukidanje rada od strane NDH nije bilo, ali fakultet prestaje funkcionisati.
Krajem 1946. posebna komisija stručnjaka pronalazi smještaj na Grbavici, u ulici Zagrebačka br. 18, gdje Fakultet ostaje do 1992. godine. Izabrani su prvi nastavnici i formirana je Savezna visoka poljoprivredna škola za planinsko gazdovanje.
Svečano otvaranje škole obavljeno je 2. novembra 1947., a redovna nastava počinje 5. novembra 1947. Na prvoj sjednici profesorskog kolegija dr. Dragomir Ćosić izabran je za dekana, a dr. Nikola Zdanovski za prodekana.
Početak priprema i formiranja šumarskog odsjeka. 17. decembra 1948. Narodna skupština NR BiH donosi Zakon o osnivanju poljoprivredno-šumarskog fakulteta u Sarajevu. Fakultet nastavlja rad sa Poljoprivrednim i Šumarskim odsjekom.
Poljoprivredno-šumarski fakultet se razdvaja na Poljoprivredni i Šumarski fakultet. Na Poljoprivrednom odsjeku uvedena tri smjera: ratarski, voćarsko-vinogradarski i stočarski. Smjerovi počinju u školskoj 1958/59. godini.
Osnivanje Odsjeka za preradu i kontrolu poljoprivrednih proizvoda (kasnije Odsjek za tehnologiju poljoprivrednih i prehrambenih proizvoda). Odjeljenje u Mostaru počinje rad 1983/84. godine, a upis prestaje 1988/89.
Fakultet potpuno opljačkan i spaljen tokom rata. Nakon rata, dobija novu zgradu u bivšoj kasarni "Maršal Tito". Ustanovljeni Opći odsjek i Odsjek za tehnologiju poljoprivrednih i prehrambenih proizvoda, sa tri usmjerenja u Općem odsjeku.
Reforma 1998/99. uspostavlja dva odsjeka: Opći odsjek i Odsjek za tehnologiju poljoprivrednih i prehrambenih proizvoda. Opći odsjek ima tri usmjerenja: Opće, Biljna proizvodnja i Zootehnika.
Početak dodiplomskih studija u skladu s Bologna procesom. Nastava se organizuje na šest studijskih programa: Voćarstvo i vinogradarstvo, Ratarstvo i povrtlarstvo, Zootehnika, Prehrambene tehnologije, Ekonomika agroindustrije i Akvakultura u saradnji s PMF. Master studij uveden 2008/09., doktorski 2014/15.
Obrazovano je 230 doktora nauka, 375 magistara nauka, 5.272 diplomirana inžinjera, 562 bachelora i 307 magistara prema reformiranom procesu. Fakultet značajno doprinosi unapređenju poljoprivredne proizvodnje i prehrambene industrije u BiH i šire, uključujući i strane državljane.
