Poljoprivredno_prehrambeni fakultet u Sarajevu s ponosom nosi ime najstarije svjetovne
visokoškolske institucije u Bosni i Hercegovini. Ministarstvo prosvjete Kraljevine Jugoslavije 21. marta 1940. godine donijelo je Uredbu sa zakonskom snagom o osnivanju Poljoprivredno_šumarskog fakulteta u Sarajevu, kao zasebnog fakulteta, sa dva odsjeka – Poljoprivrednim i Šumarskim. Nastava na fakultetu počela je krajem januara 1941. godine i trajala do izbijanja rata, aprila iste godine. Iako zvaničnog ukidanja rada Fakulteta od strane vlasti Nezavisne Države Hrvatske (NDH) nije bilo, fakultet je opustošen i prestao je sa radom do kraja Drugog svjetskog rata i oslobođenja zemlje.

Krajem 1946. posebna komisija stručnjaka, u kojoj su bili prof. dr. A. Ogrizek, prof. dr. D.
Nikolić, inž. V. Drecun, dr. D. Vukavić, inž. arh. B. Vukičević i od strane Ministarstva
poljoprivrede NR Bosne i Hercegovine postavljenu prof. dr. I. Šmalcelj, bavila se pitanjem
smještaja škole i iznalaženja eventualnih eksperimentalnih objekata. Izabrana je zgrada na
Grbavici, u ulici Zagrebacka br. 18 i na toj lokaciji Fakultet je ostao smješten do izbijanja rata 1992. godine.

Vlada FNR Jugoslavije usvojila je prijedlog ministra poljoprivrede Savezne vlade, dr. Vase
Čubrilovića, da se osnuje Savezna visoka poljoprivredna škola za planinsko gazdovanje u
Sarajevu i 31.decembra 1946. donijela Uredbu o osnivanju Savezne visoke poljoprivredne škole za planinsko gazdovanje u Sarajevu.

Prema Uredbi o osnutku i Pravilniku o organizaciji, trajanju i radu, određeno je da je Savezna visoka poljoprivredna škola za planinsko gazdovanje u Sarajevu samostalna visokoškolska ustanova u rangu fakulteta. Nastava u školi traje četiri godine, odnosno osam semestara. Na školi se proučavaju sve grane poljoprivrednih nauka, a naročita je pažnja u nastavi posvećena disciplinama koje su bile od veće važnosti za razvitak i unapređenje poljoprivredne proizvodnje u brdskim i planinskim oblastima.
Imenovana je komisija profesora matičara sa zadatkom da se izabere prva tri nastavnika. Ova Komisija je izabrala prve nastavnike Savezne visoke poljoprivredne škole za planinsko
gazdovanje u Sarajevu i to za redovne profesore dr. Dragomira Ćosića, direktora Saveznog
zavoda za poljoprivredna istraživanja i v.d. načelnika Odjeljenja za naučni rad i Stručno
obrazovanje u Beogradu i dr. Nikolu Zdanovskog, docenta Poljoprivredno_šumarskog fakulteta u Zagrebu i direktora Stočarskog instituta u Zagrebu, a za vanrednog profesora dr. Fahrudina Hrasnicu, savjetnika za stočarstvo Ministarstva poljoprivrede NR BiH u Sarajevu.
 

Profesorski kolegij na prvoj sjednici održanoj 10. maja 1947. izabrao je za dekana Škole dr. Dragomira Ćosića, a za prodekana dr. Nikolu Zdanovskog. Od tada počinje postojati Savezna visoka škola za planinsko gazdovanje, danas Poljoprivredni fakultet u Sarajevu. Njen zadatak je bio da radi na izobrazbi poljoprivrednih stručnjaka i na unapređenju poljoprivrede u cijeloj zemlji. Svečano otvaranje Škole obavljeno je 2. novembra 1947, a redovna nastava je počela 5. novembra 1947.
U toku sljedeće školske godine, na inicijativu Ministarstva Šumarstva i Komiteta za fakultete i visoke škole pri Vladi NR BiH, počele su pripreme za osnivanje šumarskog odsjeka u okviru škole. To je ostvareno 17. decembra 1948. kad je Narodna skupština NR BiH, u saglasnosti sa saveznim organima, donijela Zakon o osnivanju Poljoprivredno_šumarskog fakulteta u Sarajevu.
Poljoprivredno_šumarski fakultet nastavio je rad Visoke škole, sa svojim Poljoprivrednim i
novoosnovanim Šumarskim odsjekom, do 31. decembra 1958. godine.

U procesu reorganizacije, krajem 1958. godine, Poljoprivredno_šumarski fakultet razdvojio se u istoj zgradi na dva samostalna fakulteta – Poljoprivredni fakultet i Šumarski fakultet. Oba fakulteta su počela odvojeno poslovati od 1. januara 1959. godine.

Na osnovu preporuke Savezne narodne skupštine, na Poljoprivredno_šumarskom fakultetu u Sarajevu, u 1958.godini uvedena su na njegovom Poljoprivrednom odsjeku tri smjera studija: ratarski, voćarsko_vinogradarski i stočarski. Usmjeravanje na ova tri smjera počelo je u školskoj 1958/59. godini za studente koji su te godine bili upisani u I ili II godinu studija, a za ostale, tj. III i IV godinu produžen je raniji opći smjer studija. Na prijedlog Nastavno_naučnog vijeća Fakulteta, od školske 1977/78. godine počeo je sa radom i Odsjek za preradu i kontrolu poljoprivrednih proizvoda. Naziv odsjeka promijenjen je školske 1988/89. godine u Odsjek za tehnologiju poljoprivrednih i prehrambenih proizvoda.
Odlukom Savjeta iz 1983. godine, počelo je u Mostaru školske 1983/84. godine sa radom
Odjeljenje voćarsko_vinogradarskog odsjeka Poljoprivrednog fakulteta u Sarajevu. Upis u ovo odjeljenje prestao je od školske 1988/89.godine.

Fakultet je katastrofalno stradao već početkom rata 1992 – 1995. godine; potpuno je opljačkan i spaljen do temelja. Fakultet je u ratu ostao i bez polovine svojih kadrova. Zato je trebalo početi sve od početka. Dobijanjem i opremanjem zgrade u bivšoj kasarni ''Maršal Tito'', sadašnjem kampusu Univerziteta u Sarajevu stvorili su se opet uslovi, mada zasad skromni, da Fakultet nastavi svoju važnu misiju, koja je kao i ranije višestruka – obrazovanje kadrova, naučni rad i stručne aktivnosti u poljoprivredi i prehrambenoj industriji.
 

Sa prvom poslijeratnom koji omogućavaju da kandidati uđu u produbljena teoretska znanja i ovladaju metodama naučno_ istraživačkog rada.
Danas su na Fakultetu organizirani postdiplomski studiji iz sljedećih 12 oblasti: Ratarstvo,
Voćarstvo, Vinogradarstvo, Zaštita bilja – fitomedicina, Ishrana domaćih životinja, Ekonomika poljoprivrede i prehrambene industrije, Tehnologija biljnih proizvoda, Tehnologija animalnih proizvoda, Održivo upravljanje zemljištem, Kontrola kvaliteta hrane i pića, Proizvodnja povrća u zaštićenom prostoru i Proizvodnja i primjena cvijeća i ukrasnog bilja. Sa akademskom 2008/09 Fakultet počinje sa upisom i organizacijom nastave na diplomskim (master) studijskim programima osmišljenim prema postavkama Bologna procesa.

Kada je nakon II Svjetskog rata Fakultet 1947. godine ponovo uspostavljen poljoprivreda u
našoj zemlji bila je veoma zaostala, sa vrlo malo poljoprivrednih stručnjaka. Zato je obrazovanje kadrova bilo prvorazredan društveni zadatak. Fakultet je u svom dosadašnjem radu obrazovao skoro 5.000 diplomiranih inžinjera poljoprivrede i prehrambenih tehnologija, skoro 250 magistara nauka i blizu 200 doktora poljoprivrednih nauka. Ti kadrovi su sigurno odigrali i nastavit će da izvršavaju veoma značajnu ulogu u unapređenju poljoprivredne proizvodnje i prehrambene industrije u Bosni i Hercegovini, a i drugdje, jer je na ovom fakultetu diplomirao i nemali broj stranih državljana. reformom koja je izvršena 1998/99. godine na Fakultetu su ustanovljena dva odsjeka – Opći odsjek i Odsjek za tehnologiju poljoprivrednih i prehrambenih proizvoda. U okviru Općeg odsjeka funkcioniraju tri usmjerenja – Opće usmjerenje, Usmjerenje za biljnu proizvodnju i Usmjerenje za zootehniku.

Počevši od 2005/06 akademske godine, Fakultet upisuje studente na trogodišnje dodiplomske studijske programe, razvijene i provedene u skladu sa principima Bologna procesa. Na četiri odsjeka fakulteta (Biljna proizvodnja, Zootehnika, Prehrambene tehnologije i Ekonomika poljoprivrede i prehrambene industrije) organizuje se nastava na šest studijskih programa – Voćarstvo i vinogradarstvo, Ratarstvo i povrtlarstvo, Zootehnika, Prehrambene tehnologije, Ekonomika poljoprivrede i Ekonomika prehrambene industrije. Zajedno sa Odsjekom za biologiju Prirodno_matematičkog fakulteta Univerziteta u Sarajevu kreiran je i dodiplomski studij Akvakultura.

Fakultet svoj naziv mijenja u Poljoprivredno_prehrambeni fakultet krajem 2006. godine. Na
Poljoprivredno_prehrambenom fakultetu realizuje se nastava III stepena, odnosno magisterij, kao samostalna cjelina. Prilaz ovom vidu fakultetske djelatnosti rezultirao je iz potreba da se za kadar, koji će biti angažiran u naučno_istraživačkom radu u visokoškolskim ustanovama i van njih, organizira nastava koja vodi ka akademskom stepenu magistra. Da bi postdiplomska nastava odgovorila svojoj svrsi, dato je u njoj mjesta onim disciplinama i nastavnim sadržajima.